Misją Izby Bawełny w Gdyni jest kreowanie silnego ekonomicznie i organizacyjnie sektora bawełniarskiego w Polsce i na arenie międzynarodowej poprzez wspieranie działań swoich członków oraz instytucji, władz i organizacji zainteresowanych bawełną i innymi włóknami.
Izba realizuje tę misję działając jako forum współpracy i konsultacji w zakresie zagadnień dotyczących obrotu, przerobu, badań laboratoryjnych oraz rozstrzygania sporów dotyczących bawełny, innych włókien oraz wykonanych z nich wyrobów gotowych i półproduktów.
Mottem działania Izby jest popularyzacja zasady świętości umów i uczciwości kupieckiej.