W czerwcu 1938 roku, po spotkaniach na giełdzie bawełnianej w Nowym Yorku, Memphis i Nowym Orleanie, oraz z zarządem ACSA (American Cotton Shippers Association) i przedstawicielami Departamentu Sprawiedliwości i Departamentu Rolnictwa Stanów Zjednoczonych w Waszyngtonie, władze Zrzeszenia uzyskały zgodę na realizację kontraktów z gdyńską klauzulą arbitrażową oraz wykonalność jej orzeczeń w sporach z kontrahentami amerykańskimi. 26 września 1938 roku, wraz z inauguracją siedziby Izby – Domu Bawełny arbitraż bawełny w Gdyni został oficjalnie otwarty. Tym samym Zrzeszenie Interesentów Handlu Bawełną stało się instytucją arbitrażową uznaną przez międzynarodowe środowisko bawełniarskie i uruchomiony został pierwszy Sąd Arbitrażowy w Polsce.
Powołanie w 1935 roku Zrzeszenia Interesentów Handlu Bawełną Izby oraz utworzonej przy niej w 1938 roku instytucji arbitrażowej, przypadają na okres dynamicznych przemian w polskim przemyśle włókienniczym. Był to także czas niezwykle dynamicznej rozbudowy Gdyni i jej nowego portu handlowego, który szybko stał się głównym punktem wyładunkowym całej importowanej do naszego kraju bawełny.
Od momentu utworzenia Zrzeszenia, trwały intensywne prace nad warunkami gdyńskimi arbitrażu jakościowego. Przeprowadzać go mieli zawodowi, zaprzysiężeni klasyfikatorzy, a ewentualne spory z dostawcami rozstrzygane miały być na podstawie kontraktów zawierających gdyńską klauzurę arbitrażową. Drugą instancją miała być jedna z istniejących już od dawna – europejskich giełd bawełnianych, na którą wybrano Chambre Arbitrale de Cotons w Hawrze.
Regulamin arbitrażowy, składający się z 10 rozdziałów, został zatwierdzony przez nadzwyczajne walne zgromadzenie Zrzeszenia w dniu 2 września 1938 roku..
Uroczystości otwarcia Instytucji Arbitrażowej dla Bawełny w Gdyni odbyły się 26 i 27 września 1938 roku i jednocześnie – było to oficjalne uruchomienie siedziby Izby – Domu Bawełny. Z tej okazji napłynęły do Zrzeszenia listy gratulacyjne od giełd bawełniarskich z całego świata, a w numerze 44 z 1938 r. znaczącego czasopisma branżowego The Cotton Trade Journal – New Orlean pt. Poland – Gdynia Edition, ukazało się kilkadziesiąt anonsów z gratulacjami dla nowej instytucji.
Było to doniosłe wydarzenie dla portu i miasta Gdynia, a w miesięczniku Wiadomości Portu Gdyńskiego nr 9 i nr 10 / 1938, ukazały się okolicznościowe publikacje z wieloma gratulacjami dla władz Zrzeszenia oraz informacjami nt. rynku bawełny w Polsce.
Od września 1938 do końca sierpnia 1939 roku gdyńscy rzeczoznawcy skontrolowali blisko 40 tys. bel bawełny tj. co siódmą belę przywiezioną w tym czasie do Polski. Niestety, nie zachowały się dokumenty pokazujące efekty tych kontroli. W nadzwyczajnie szybkim czasie, co zadziwiło starsze europejskie ośrodki handlu bawełną w Bremie, Rotterdamie, Hawrze czy Liverpoolu, Gdynia stała się silnym i konkurencyjnym centrum obrotu i kontroli tego surowca, z największym portem bawełniarskim na Bałtyku.
Prace Sądu Arbitrażowego zostały przerwane przez działania wojenne w latach 1939 – 1945.
Zwieńczeniem działalności pierwszych powojennych lat było ponowne otwarcie odbudowanego Domu Bawełny, połączone z potwierdzeniem uprawnień arbitrażowych oraz wznowieniem działalności Międzynarodowego Sądu Arbitrażowego dla bawełny.
W uroczystościach, które odbyły się 6 czerwca 1948 roku, połączonych z Walnym Zgromadzeniem Zrzeszenia, wzięli udział przedstawiciele władz centralnych i wojewódzkich; obecny był także Eugeniusz Kwiatkowski – pełniący wówczas funkcję Pełnomocnika Rządu ds. Odbudowy Wybrzeża, licznie przybyli też przedstawiciele przemysłu bawełniarskiego, reprezentanci zaprzyjaźnionych międzynarodowych izb i giełd bawełny oraz firm i organizacji związanych z obrotem bawełną.
Do Zrzeszenia napłynęły depesze gratulacyjne z zagranicy, m.in. z ACSA oraz National Cotton Council of America, The Liverpool Cotton Association, Marche Cotton – Gandawa, Swedish Cotton Association czy z Giełdy Bawełny w Aleksandrii.
Pierwszy powojenny arbitraż jakościowy – 16 marca 1949 roku miał miejsce pierwszy powojenny arbitraż, dotyczył dwóch partii bawełny brazylijskiej, który zakończył się jednogłośnym orzeczeniem, przyznającym bonifikatę polskiemu odbiorcy. Obie strony podporządkowały się werdyktowi i nie skorzystały z prawa odwołania się do II instancji.
Po wojnie zmieniły się kierunki importu bawełny, co rozszerzyło zakres prowadzonych arbitraży jakościowych również o dostawy z innych krajów (ZSRR, Egipt, Sudan etc.)
Izba Bawełny w Gdyni zdobyła wysokie miejsce w świecie bawełny i handlu tym surowcem. Jako instytucja arbitrażowa bawełny od momentu powstania chroniła interesy swoich członków w międzynarodowym obrocie bawełną.